Das Team von Bioshock 1 hat sich verändert und ist gewachsen. Das gilt auch für die Unterwasserstadt Rapture. Bioshock 2 bringt neue Geheimnisse von Rapture ans Tageslicht…
Die Geschichte von Bioshock 2 spielt sich in den späten 60er Jahren ab, also nach der Geschichte von Bioshock 1. Der Spieler wird zu Big Daddy, um genau zu sein, zu dem ersten Big Daddy der erschaffen wurde. Er ist eine Art Prototyp, der wieder aktiviert wurde und einen eigenen Willen bekommen hat um die aufgetauchte Big Sister zu bekämpfen. Neben ,den aus Bioshock 1 bekannten, Big Daddy Waffen ist er imstande Plasmide (genetische Mittel, die einem Superkräfte verleihen) zu nutzen. Die Kräfte der Plasmide erlauben dem Spielcharakter sich während des Spielverlaufs zu verändern und größere Kräfte zu erschließen.
In Bioshock 1 waren die Big Daddies die am meisten gefürchteten Kreaturen. Sie hatten große, schwere und immens starke Waffen und waren eine Art wandernde Festung. Nun da der Spieler in Bioshock 2 selbst zum ersten Big Daddy wird, noch dazu zu einem schlauerem und beweglicherem, wie seine späteren Nachfolger – vor wem soll man da noch Angst haben? Die Big Daddys werden weiterhin eine große Gefahr darstellen – es ist so als würde man gegen sich selbst kämpfen. Splicer - die Drogensüchtigen die von ADAM abhängig sind – stellen in großen Gruppen ebenfalls eine Gefahr dar. Aber die Big Sister ist die größte Bedrohung. Sie kehrt aus der Geschichte von Bioshock 1 zurück, und wird alle Interaktionen zwischen dem Spieler und den anderen Big Daddies und Little Sisters, die die ADAM Droge aus den Gestorbenen aussagen, überwachen. Jedes mal wenn der Spieler die Nahrungskette von Rapture aus dem Gleichgewicht bringt, wird sie kommen und angreifen.
